Ответ 1
Так как версия 3 R поддерживает длинные векторы. Длинный вектор индексируется double. Длинный вектор может быть базой для матрицы или массива размером более 2, поскольку каждое измерение достаточно мало, чтобы индексироваться с помощью integer. Длинные векторы не могут быть переданы в собственный код через .C и .Fortran. Сообщение об ошибке, которое вы получаете, связано с тем, что длинный вектор передается через .C.
Длинные векторы могут быть переданы через .Call. Таким образом, до тех пор, пока собственный код glmnet может поддерживать длинные векторы (64-разрядные индексы) или может быть изменен/скомпилирован для его поддержки, нужно будет только изменить интерфейс между R и собственным кодом glmnet. Вы можете сделать это вручную на C, и для этой задачи также есть новый пакет с именем dotCall64. Часть модификации интерфейса решает, когда копировать аргументы -.C/.Fortran превентивно копирует, но вы не хотите делать это без необходимости с большими структурами данных.
Я думаю, что трудность изменения собственного кода glmnet для поддержки 64-битных индексов зависит от фактического кода (который я смотрел только, но не работал). Легко переключить все целые числа (или явно или неявно 32-битные целые числа) в коде Fortran на 64-разрядные. Проблемы возникают, когда некоторые целые числа должны оставаться 32 бит, и это произойдет, например. для целых векторов, переданных из/в R-код, поскольку R использует 32-битные целые числа (даже в длинных векторах). В glmnet есть такие целые векторы. Насколько сложна модификация, тогда зависит от того, насколько чистым является исходный код Fortran (например, если он использует отдельные целочисленные переменные для индексирования и доступа к значениям целых массивов и т.д.).
Экспериментальные реализации подмножеств R, как и Riposte, не помогут.