Ответ 1
Настройте его так:
Настройки → Интеграция (или Настройки → Функции → Интеграция в старых версиях)
Настройте группу ConEmu Here (не злоупотребляйте ConEmu Inside) и нажмите кнопку Register.
Эти параметры хранятся в реестре (связанные с проводником ключи), и поэтому эти настройки не сохраняют конфигурацию ConEmu, поэтому кнопка "Сохранить настройки" бесполезна на этой конкретной странице.