Анимированные графики rgl с knitr

Я хочу, чтобы включить анимированные rgl графики в моем .Rnw документа через knitr. Вот мой MWE:

Я не получаю граф в моих вязаных документах.

обновленный

Я все еще не могу заставить его работать и получаю следующее предупреждение:

Изменение fig.path = 'figure/' на fig.path = '' в opts_chunk$set компилирует документ с png графиками, но без анимации. Как я могу получить анимированные графики rgl с fig.path = 'figure/'.

Ответы

Ответ 1

У меня есть пример, основанный на вашем, который работает с использованием knitr в Windows 8.1 в RStudio 0.99.441.

Это создает 40-кадровую анимацию графика. Он использует встроенный hook_plot_custom для включения графиков, которые генерируются вручную, анимируя 3D-график. Код анимации был основан на справочниках и источниках play3d и movie3d. movied3d сам не может быть использован, потому что он слишком негибкий в своем имени файла.

Я поставил это на github на https://github.com/NikNakk/testAnimateRgl/. PDF находится на https://github.com/NikNakk/testAnimateRgl/raw/master/rglKnitr.pdf

\documentclass{article}
\usepackage{animate}

<< label = setup, include = FALSE>>=
library("rgl")
library("car")
library("knitr")
knit_hooks$set(rgl = hook_plot_custom)
@ 
\begin{document}

<< label=rgl1, rgl=TRUE, fig.show='animate', fig.width=5, fig.height=5, out.width='.6\\linewidth', dev='png', fig.num = 40, interval=0.1>>=
scatter3d(prestige ~ income + education, data=Duncan)
M <- par3d("userMatrix")
par3d(windowRect = 100 + opts_current$get("dpi") *
        c(0, 0, opts_current$get("fig.width"), 
        opts_current$get("fig.height")))
spinFunc <- par3dinterp(userMatrix=list(M,
                             rotate3d(M, pi/2, 1, 0, 0),
                             rotate3d(M, pi/2, 0, 1, 0)))
for(i in 1:40) {
  par3d(spinFunc(i / 10))
  Sys.sleep(0.05)
  rgl.snapshot(fig_path(".png", number = i), fmt = "png")
}
@

\end{document}

Изменить: Новая версия

Здесь другая версия, которая демонстрирует использование пользовательских параметров chunk для установки параметров для более простого spin3d. Обратите внимание, что с этой версией кусок представляет собой только одну строку (график scatter3d). spin3d.axis используется для установки параметра оси на spin3d; spin3d.rpm используется для установки параметра rpm. Количество изображений и интервал между изображениями устанавливаются с использованием стандартных параметров fig.num и interval.

\documentclass{article}
\usepackage{animate}

<< label = setup, include = FALSE>>=
  library("rgl")
library("car")
library("knitr")
hook_rgl_spin <- function(before, options, envir) {
  if (!before) {
    par3d(windowRect = 100 + options$dpi *
          c(0, 0, options$fig.width, 
            options$fig.height))
    if (!is.null(options$spin3d.axis)) {
      spin3d.axis <- options$spin3d.axis
    } else {
      spin3d.axis <- c(0, 0, 1)
    }
    if (!is.null(options$spin3d.rpm)) {
      spin3d.rpm <- options$spin3d.rpm
    } else {
      spin3d.rpm <- c(0, 0, 1)
    }
    spinFunc <- spin3d(axis = spin3d.axis, rpm = spin3d.rpm)
    for(i in 1:options$fig.num) {
      par3d(spinFunc(i * options$interval))
      Sys.sleep(0.05)
      rgl.snapshot(fig_path(".png", number = i), fmt = "png")
    }

    hook_plot_custom(before, options, envir)
  }
}
knit_hooks$set(rgl = hook_rgl_spin)
@ 
  \begin{document}

<< label=rgl1, rgl=TRUE, fig.show='animate', fig.width=5, fig.height=5, out.width='.6\\linewidth', dev='png', fig.num = 40, interval=0.1, spin3d.axis=c(0, 0, 1), spin3d.rpm = 20>>=
  scatter3d(prestige ~ income + education, data=Duncan)
@

  \end{document}