Ответ 1
Если вы откроете файл appref-ms в текстовом редакторе, вы увидите, что он содержит Url для приложения, культуры, архитектуры процессора и ключа, используемых для подписи приложения, поэтому да, это просто ссылка.
Разница между этими файлами и ярлыками Application Reference (.lnk) заключается в том, что ссылка на приложение указывает на исходное приложение Url, а не на местоположение exe на диске при запуске файла appref-ms, который система знает как найти копию программы на локальном диске и запустить ее оттуда, не обращаясь к Url (это неточно и зависит от настроек в манифесте ClickOnce, но близкое приближение).