Ответ 1
Согласно kernel.org git не сохраняет все разрешения, доступные для файлов.
Git - это трекер контента, где контент де-факто определяется как "все, что имеет отношение к состоянию типичного дерева исходного кода". В принципе, это только данные файлов и атрибут "исполняемый".
Итак, git хранит только содержимое в файле и бит выполнения.
(Возможно, это выбор дизайна. Вероятно, частично отчасти это связано с тем, что не все файловые системы одинаковы.)