Файл HDF5, созданный с помощью h5py, не может быть открыт h5py
Я создал файл HDF5, по-видимому, без проблем, в Ubuntu 12.04 (32-разрядная версия), используя Anaconda в качестве дистрибутива и записи Python в ноутбуках ipython. Основными данными являются все массивы numpy. Например,
import numpy as np
import h5py
f = h5py.File('myfile.hdf5','w')
group = f.create_group('a_group')
group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
Если я попытаюсь открыть этот файл из нового ноутбука iypthon, я получаю сообщение об ошибке:
f = h5py.File('myfile.hdf5', "r")
---------------------------------------------------------------------------
IOError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-b64ac5089cd4> in <module>()
----> 1 f = h5py.File(file_name, "r")
/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in __init__(self, name, mode, driver, libver, userblock_size, **kwds)
220
221 fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
--> 222 fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl)
223
224 Group.__init__(self, fid)
/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.pyc in make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, fcpl)
77
78 if mode == 'r':
---> 79 fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDONLY, fapl=fapl)
80 elif mode == 'r+':
81 fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDWR, fapl=fapl)
/home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/h5f.so in h5py.h5f.open (h5py/h5f.c:1741)()
IOError: Unable to open file (Unable to find a valid file signature)
Можете ли вы рассказать мне, что такое недостающая подпись файла? Я пропустил что-то, когда создал файл?
Ответы
Ответ 1
Поскольку мы решили проблему в комментариях к моему вопросу, я пишу результаты здесь, чтобы отметить ее как решенную.
Основная проблема заключалась в том, что я забыл закрыть файл после его создания. Было бы два простых варианта:
import numpy as np
import h5py
f = h5py.File('myfile.hdf5','w')
group = f.create_group('a_group')
group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
f.close()
или, мой любимый, потому что файл автоматически закрывается:
import numpy as np
import h5py
with h5py.File('myfile.hdf5','w') as f:
group = f.create_group('a_group')
group.create_dataset(name='matrix', data=np.zeros((10, 10)), chunks=True, compression='gzip')
Ответ 2
Я работал с https://github.com/matterport/Mask_RCNN и выдал ту же ошибку:
Traceback (most recent call last):
File "detection.py", line 42, in <module>
model.load_weights(model_path, by_name=True)
File "/home/michael/Bachelor/important/Cable-detection/Mask_RCNN-2.1/samples/cable/mrcnn/model.py", line 2131, in load_weights
f = h5py.File(filepath, mode='r')
File "/home/michael/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 271, in __init__
fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, swmr=swmr)
File "/home/michael/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 101, in make_fid
fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)
File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/_objects.c:2840)
File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/_objects.c:2798)
File "h5py/h5f.pyx", line 78, in h5py.h5f.open (/tmp/pip-s_7obrrg-build/h5py/h5f.c:2117)
OSError: Unable to open file (Addr overflow, addr = 800, size=8336, eoa=2144)
HDF5: infinite loop closing library
D,T,F,FD,P,FD,P,FD,P,E,E,SL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL,FL
Решение выше сработало для меня тоже. Я случайно прервал тренировку, поэтому файл .hdf5 не был закрыт должным образом и не мог быть открыт после этого.
