Затенение графика плотности ядра между двумя точками.

Я часто использую графики плотности ядра, чтобы проиллюстрировать распределения. Они легко и быстро создают в R так:

set.seed(1)
draws <- rnorm(100)^2
dens <- density(draws)
plot(dens)
#or in one line like this: plot(density(rnorm(100)^2))

Что дает мне этот приятный маленький PDF:

Я хочу затенять область под PDF от 75-го до 95-го процентилей. Легко вычислить точки с помощью функции quantile:

q75 <- quantile(draws, .75)
q95 <- quantile(draws, .95)

Но как затенять область между q75 и q95?

Ответы

Ответ 1

С помощью функции polygon() см. справочную страницу, и я считаю, что у нас были и подобные вопросы.

Вам нужно найти индекс значений квантиля, чтобы получить фактические пары (x,y).

Изменить: здесь вы:

x1 <- min(which(dens$x >= q75))  
x2 <- max(which(dens$x <  q95))
with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray"))

Выход (добавлен JDL)

Ответ 2

Другое решение:

dd <- with(dens,data.frame(x,y))
library(ggplot2)
qplot(x,y,data=dd,geom="line")+
  geom_ribbon(data=subset(dd,x>q75 & x<q95),aes(ymax=y),ymin=0,
              fill="red",colour=NA,alpha=0.5)

Результат:

Ответ 3

Расширенное решение:

Если вы хотите затенять оба хвоста (копировать и вставлять код Dirk) и использовать известные значения x:

set.seed(1)
draws <- rnorm(100)^2
dens <- density(draws)
plot(dens)

q2     <- 2
q65    <- 6.5
qn08   <- -0.8
qn02   <- -0.2

x1 <- min(which(dens$x >= q2))  
x2 <- max(which(dens$x <  q65))
x3 <- min(which(dens$x >= qn08))  
x4 <- max(which(dens$x <  qn02))

with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray"))
with(dens, polygon(x=c(x[c(x3,x3:x4,x4)]), y= c(0, y[x3:x4], 0), col="gray"))

Результат:

Ответ 4

Этот вопрос нуждается в ответе lattice. Здесь очень простой, просто адаптируя метод, используемый Дирком и другими:

#Set up the data
set.seed(1)
draws <- rnorm(100)^2
dens <- density(draws)

#Put in a simple data frame   
d <- data.frame(x = dens$x, y = dens$y)

#Define a custom panel function;
# Options like color don't need to be hard coded    
shadePanel <- function(x,y,shadeLims){
    panel.lines(x,y)
    m1 <- min(which(x >= shadeLims[1]))
    m2 <- max(which(x <= shadeLims[2]))
    tmp <- data.frame(x1 = x[c(m1,m1:m2,m2)], y1 = c(0,y[m1:m2],0))
    panel.polygon(tmp$x1,tmp$y1,col = "blue")
}

#Plot
xyplot(y~x,data = d, panel = shadePanel, shadeLims = c(1,3))