Ответ 1
Используйте перегрузку метода IncludeDirectory, который принимает bool searchSubdirectories
в качестве третьего параметра.
MSDN:
searchSubdirectories - указывает, следует ли рекурсивно искать подкаталоги каталогаVirtualPath.
Пример:
bundles.Add(new ScriptBundle("~/bundles/scripts")
.IncludeDirectory("~/Scripts", "*.js", true));