Ответ 1
Клонируйте репозиторий с флагом --bare:
git clone --bare ...
"голое" хранилище в Git просто содержит контроль версий информация и нет рабочих файлов (без дерева), и она не содержит специальный подкаталог .git. Вместо этого он содержит все содержимое подкаталог .git непосредственно в главном каталоге.
Подробнее читайте в документации или на этой полезной странице о настройке серверных сред с помощью этой опции.