Настройка пользовательской цветовой шкалы в R

Я пытаюсь настроить пользовательский масштаб в R. Мои данные варьируются в значениях от -5,4 до +3,6, и я хочу центрировать данные вокруг 0 ​​(белый). Я хотел бы получить масштаб данных таким образом, чтобы у меня было такое же количество градаций выше и ниже 0 (сейчас я снимаю 7 очков). Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что я не могу получить правильность масштабирования, и я не уверен, где моя проблема.

Мой код на данный момент (исходные данные находятся в ссылке Pastebin внизу):

   png('127-2_4_compare_other.png',width = 1200, height = 800, units = "px")
   colfunc <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))
   f <- function(m) t(m)[,nrow(m):1]
   colorBarz=matrix(seq(-5.5,4,len=15),nrow=1)
   colorBarx=1
   source("127-2_4.CompareMatrix.txt")
   colorBary=seq(-5.4,3.6,len=15)
   cus_breaks=c(-5.400, -4.725, -4.050, -3.375, -2.700, -2.025, -1.350, -0.675,  0.45, 0.90, 1.35, 1.80, 2.25, 2.70, 3.15, 3.60)
   layout(matrix(c(1,2), 1, 2, byrow = TRUE), widths=c(9,1))
   image(f(Compare2and4),axes=FALSE,ylab="Amino acids",xlab="Position",main="Sample 2 vs. 4",col=colfunc(15),breaks=cus_breaks)
   axis(1, seq(from = 0, to = 1, by = 0.03703), labels=c(1:11,1:17))
   axis(2, seq(from = 0, to = 1, by = 0.0526),labels=rev(c("A","R","N","D","C","E","Q","G","H","I","L","K","M","F","P","S","T","W","Y","V")),las=2)
   image(colorBarx,colorBary,colorBarz,col=colfunc(15),axes=FALSE,xlab="",ylab="log(Sample4 / Sample2)",breaks=cus_breaks)
   axis(2,las=2)
   dev.off()

Я ищу семь равномерно разбитых ящиков выше 0 до 3.6 и семь равномерно разбитых ячеек ниже 0 до -5.4, и я бы хотел, чтобы 0 попал в середину белого бункера. Кроме того, если кто-то может просмотреть код heatmap сам, чтобы убедиться, что нет очевидных ошибок, я был бы очень признателен. Pastebin исходных данных

Неправильная шкала правильной карты

Ответы

Ответ 1

Проблема с предлагаемой цветовой гаммой заключается в том, что перцептивное расстояние между каждой точкой шкалы не равно. Такое же цветовое расстояние относится к большему диапазону значений данных на положительном конце по сравнению с отрицательным концом. Я бы предложил не изобретать колесо и использовать большие возможности ggplot.

По умолчанию расходящаяся цветовая шкала будет иметь белый цвет, так как средняя точка равна 0.

Например:

Compare2and4_t <- t(Compare2and4)[,nrow(Compare2and4):1]
am_ac <- c("A","R","N","D","C","E","Q","G","H","I","L","K","M","F","P","S","T","W","Y","V")
pdat <- data.frame(x = 1:nrow(Compare2and4_t), 
                   y = factor(rep(am_ac, each = nrow(Compare2and4_t)), levels = rev(am_ac)),
                   val = c(Compare2and4_t))

library(ggplot2)
library(scales)

ggplot(pdat, aes(x, y, fill = val)) + 
  geom_tile() +
  scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', high = 'darkred', 
                       limits = c(-5.4, 3.6), oob = squish) +
  coord_equal(expand = FALSE) +
  scale_x_continuous(breaks = unique(pdat$x)) +
  theme_classic() +
  labs(x = 'Position', y = 'Amino acids')

введите описание изображения здесь