Ошибка pydot и graphviz: не удалось импортировать dot_parser, загрузка файлов точек будет невозможна

Когда я запускаю очень простой код с pydot

import pydot
graph = pydot.Dot(graph_type='graph')

for i in range(3):

  edge = pydot.Edge("king", "lord%d" % i)
  graph.add_edge(edge)

vassal_num = 0
for i in range(3):
  for j in range(2):
    edge = pydot.Edge("lord%d" % i, "vassal%d" % vassal_num)
    graph.add_edge(edge)
    vassal_num += 1

graph.write_png('example1_graph.png')

Он выводит мне сообщение об ошибке:

Couldn't import dot_parser, loading of dot files will not be possible.

Я использую python 2.7.3

Ответы

Ответ 1

Ответа на этот вопрос для pydot >= 1.1:

Несовместимость (upstream) pydot была зафиксирована 6dff94b3f1, и, таким образом, pydot >= 1.1 будет совместим с pyparsing >= 1.5.7.

Ответ применим к pydot <= 1.0.28:

Для всех, кто сталкивается с этим, это связано с изменениями в pyparsing от 1.x до версии 2.x. Чтобы установить pydot с помощью pip, сначала установите более старую версию pyparsing:

pip install pyparsing==1.5.7
pip install pydot==1.0.28

Если вы не установили pyparsing с помощью pip, а вместо этого использовали setup.py, посмотрите на это решение, чтобы удалить пакет. Спасибо @qtips.

Ответ 2

В репите pip, который называется pydot2, есть новый пакет, который правильно работает с pyparsing2. Я не мог понизить мои пакеты, потому что matplotlib зависит от нового пакета pyparsing.

Примечание: python2.7 из macports

Ответ 3

pydot использовал частную модульную переменную (_noncomma) из pyparsing. Ниже diff устанавливает его для использования для pyparsing 2.0.1:

diff --git a/dot_parser.py b/dot_parser.py
index dedd61a..138d152 100644
--- a/dot_parser.py
+++ b/dot_parser.py
@@ -25,8 +25,9 @@ from pyparsing import __version__ as pyparsing_version
 from pyparsing import ( nestedExpr, Literal, CaselessLiteral, Word, Upcase, OneOrMore, ZeroOrMore,
     Forward, NotAny, delimitedList, oneOf, Group, Optional, Combine, alphas, nums,
     restOfLine, cStyleComment, nums, alphanums, printables, empty, quotedString,
-    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, _noncomma, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )
+    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )

+_noncomma = "".join( [ c for c in printables if c != "," ] )

 class P_AttrList:

Ответ 6

Решение заключалось не в том, чтобы установить pydot откуда-то, а в "python-pydot" из официальных репозиториев ubuntu.

Ответ 7

Теперь есть, по крайней мере, еще две версии, поддерживающие PyParsing-2 и Python-3:

  • PyDotPlus Карлос Дженкинс с приятным travis buildbot и fancy документация. Однако вам нужно будет изменить имя своей папки с site-packages\pydotplus на site-packages\pydot, чтобы она работала с существующими программами, которые импортируют pydot.
  • pydot3k bmcorser. К сожалению, не работает!
  • prologic/pydot Джеймсом Миллсом, связанным с официальной страницей кода Google pydot как...

    ветвь для совместимости с Python 3

  • и вот рабочая ссылка на David Villa pydot2, которая отлично работает: https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32

Ответ 8

У меня снова возникла проблема, и мое выше решение не сработало. Если это верно для вас, и вы также используете Anaconda на Mac с El Capitan, попробуйте следующее:

conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG graphviz`
conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG pydot

Ответ 9

Это сработало для меня (Mac OS X 10.9 с Python 2.7.10 на Anaconda):

conda uninstall pydot

Затем

conda install pydot

Затем Pyradsing понижается (от 2.x до 1.5.7) при установке pydot. Future Googlers: это позволило мне правильно установить и импортировать Theano.

Ответ 10

В OSX Mavericks следующее было трюк... У меня такая же ошибка, но внизу была жалоба на то, что исполняемого файла graphviz не было... Я думаю, проблема в том, что я установил graphviz до другие модули?

brew uninstall graphviz
brew install graphviz

Ответ 11

Когда другие решения не работают, это быстрый и грязный метод для решения проблемы:

Этот пример из python 2.7 на Ubuntu 16.04.

Отредактируйте файл python2.7/site-packages/keras/utils/visualize_util.py и прокомментируйте сегмент кода ниже.

if not pydot.find_graphviz():
    raise ImportError('Failed to import pydot. You must install pydot'
                      ' and graphviz for `pydotprint` to work.')

find_graphviz() избыточен в более новых версиях pydot, и вышеупомянутый вызов не работает.

Ответ 12

Что я сделал в конце после того, как много попыток от того, что я увидел здесь (псевдо-последовательность для работы для networkx):

apt-get remove python-pydot
pip install pydotplus
apt-get install libcgraph6
apt-get install python-pygraphviz


# pip freeze | grep pydot
 pydotplus==2.0.2
# pip freeze | grep pyparsing
pyparsing==2.2.0
# pip freeze | grep graphviz
pygraphviz==1.2
# python -c 'import pydotplus'
#

Ответ 13

Вам нужно понизить pyparsing от версии 2.x до версии 1.5.7, чтобы заставить pydot работать правильно.

Для win-64, используя Conda, это сработало для меня:

conda install -c https://conda.anaconda.org/Trentonoliphant pyparsing=1.5.7

Затем я отключил/удалил версию 2.x и перезапустил pyparsing в моем script:

pyparsing = reload(pyparsing)
pydot = reload(pydot)

Чтобы проверить, есть ли у вас правильная версия:

print pyparsing.__version__