Ответ 1
У меня нет репутации для комментариев, но я хочу предоставить эту ссылку для вас и/или прохожих, где обсуждается отрицательный вывод MSE в изучении scikit - https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/issues/2439
Кроме того, чтобы сделать это реальным ответом, ваш первый вариант верен в том, что MSE не только показатель, который вы хотите использовать для сравнения моделей, но R ^ 2 не может быть рассчитан в зависимости (я думаю) от типа креста -val вы используете.
Если вы выберете MSE в качестве бомбардира, он выведет список ошибок, которые вы затем можете использовать для этого:
# Doing linear regression with leave one out cross val
from sklearn import cross_validation, linear_model
import numpy as np
# Including this to remind you that it is necessary to use numpy arrays rather
# than lists otherwise you will get an error
X_digits = np.array(x)
Y_digits = np.array(y)
loo = cross_validation.LeaveOneOut(len(Y_digits))
regr = linear_model.LinearRegression()
scores = cross_validation.cross_val_score(regr, X_digits, Y_digits, scoring='mean_squared_error', cv=loo,)
# This will print the mean of the list of errors that were output and
# provide your metric for evaluation
print scores.mean()