Dotplot с ошибками, две серии, световой дрожание

У меня есть набор данных по нескольким исследованиям. Для каждого исследования меня интересует среднее значение переменной по полу, и если это существенно отличается. Для каждого исследования у меня средний и 95% доверительный интервалы как для мужчин, так и для женщин.

Что бы я хотел сделать, это нечто похожее на это:  enter image description here

Я использовал несколько разновидностей точек (dotplot, dotplot2, Dotplot), но не совсем понял.

Используя Dotplot from Hmisc Мне удалось создать одну серию и свои ошибки, но я не понимаю, как добавить вторую серию.

Я использовал Dotplot и получил вертикальное окончание столбцов ошибок после рекомендаций здесь.

Вот рабочий пример кода, который я использую

data<-data.frame(ID=c("Study1","Study2","Study3"),avgm=c(2,3,3.5),avgf=c(2.5,3.3,4))
data$lowerm <- data$avgm*0.9 
data$upperm <- data$avgm*1.1
data$lowerf <- data$avgf*0.9
data$upperf <- data$avgf*1.1

# Create the customized panel function
mypanel.Dotplot <- function(x, y, ...) {
  panel.Dotplot(x,y,...)
  tips <- attr(x, "other")
  panel.arrows(x0 = tips[,1], y0 = y, 
               x1 = tips[,2], y1 = y, 
               length = 0.05, unit = "native",
               angle = 90, code = 3)
}

library(Hmisc)
Dotplot(data$ID ~ Cbind(data$avgm,data$lowerm,data$upperm), col="blue", pch=20, panel = mypanel.Dotplot,
        xlab="measure",ylab="study")

Здесь отображаются три столбца данных, среднее значение для мужчин (avgm) и нижняя и верхняя граница 95% доверительного интервала (нижняя и верхняя). У меня есть другие три серии, для тех же исследований, которые выполняют ту же работу для женщин (avgf, lowerf, upperf).

Результаты, которые я сделал, выглядят следующим образом:

enter image description here

Что не хватает, в двух словах:

  • добавление второй серии (avgf) со средствами и доверительными интервалами, определенными на трех других переменных для тех же исследований.

  • добавление какого-либо вертикального джиттера, чтобы они не были одними поверх другого, но читатель может видеть оба даже при перекрытии.

Ответы

Ответ 1

К сожалению, я не могу помочь вам с Dotplot, но я считаю это довольно простым, используя ggplot. Вам просто нужно немного изменить данные.

library(ggplot2)
# grab data for males
df_m <- data[ , c(1, 2, 4, 5)]
df_m$sex <- "m"
names(df_m) <- c("ID", "avg", "lower", "upper", "sex")
df_m

# grab data for females
df_f <- data[ , c(1, 3, 6, 7)]
df_f$sex <- "f"
names(df_f) <- c("ID", "avg", "lower", "upper", "sex")
df_m

# bind the data together
df <- rbind(df_m, df_f)

# plot
ggplot(data = df, aes(x = ID, y = avg, ymin = lower, ymax = upper, colour = sex)) +
  geom_point(position = position_dodge(width = 0.2)) +
  geom_errorbar(position = position_dodge(width = 0.2), width = 0.1) +
  coord_flip() +
  scale_colour_manual(values = c("blue", "red")) +
  theme_classic()

enter image description here

  # if you want horizontal grid lines you may change the last line with:
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major.y = element_line(colour = "grey", linetype = "dashed"),
        panel.grid.major.x = element_blank(),
        panel.grid.minor.x = element_blank())