Ответ 1
Сначала вы должны взглянуть на существующую документацию и вернуться к более конкретным вопросам (если они останутся, но я уверен, что будет;)).
То, что вы хотите сделать, называется подготовкой документа в Isabelle. Первое, что нужно посмотреть, - это Глава 4. Представление теорий Системное руководство Isabelle. (На самом деле также неплохо сначала прочитать предыдущую главу о сеансах Isabelle и управлять построением.)
Для некоторых аккуратных обозначений также может быть интересен LaTeX Sugar для документов Isabelle.
Некоторые другие полезные вещи, такие как генерация фрагментов TeX из ваших теорий Isabelle и включение их в ваш документ (с которыми вы могли бы совместно работать с другими, у которых не установлена Isabelle), можно найти на Community Wiki.