Я пытаюсь оптимизировать свои запросы, но prefetch_related настаивает на присоединении к таблицам и выборе всех полей, хотя мне нужен только список идентификаторов из таблицы отношений.
Вы можете игнорировать четвертый запрос. Это не связано с вопросом.
Связанный код:
class Contact(models.Model):
...
Groups = models.ManyToManyField(ContactGroup, related_name='contacts')
...
queryset = Contact.objects.all().prefetch_related('Groups')
Django 1.7 добавил Объекты предварительной выборки, которые позволяют настраивать набор запросов, используемый при предварительной выборке. В этом случае вам нужно что-то вроде:
queryset = Contact.objects.all().prefetch_related(
Prefetch('Groups', queryset=Group.objects.all().only('id')))