Ответ 1
Попробуйте определить Рабочий набор, который включает только те модули, в которые вы хотите выполнить поиск, а затем использовать этот рабочий набор в поиске.
ИЗМЕНИТЬ
На самом деле я попробовал, и только отлично работает по умолчанию в eclipse 4.3 (Kepler), только один результат возвращается для вложенных проектов.
В любом случае, как использовать рабочий набор в открытом ресурсе (пример не относится к ресурсу во вложенном модуле, так как в этом случае Kepler не показывает повторяющиеся результаты, поэтому пример представляет собой только два разных ресурса, имя в двух разных модулях):
(1) Нажмите клавиши Ctrl + shift + R. Я искал ресурс с именем pom.xml. Вы можете увидеть два результата:
(2) Нажмите маленькую стрелку вниз в верхнем правом углу окна и выберите Select Working Set...:
(3) Проверьте переключатель Selected Working Sets и проверьте нужные проекты (в вашем случае проекты листа):
(4) И voila, Open Resource возвращает только один результат:
