Ответ 1
Поскольку MuPdf не предоставляет apis для требуемых функций, я предлагаю использовать библиотеку PDFTron sdk для Android.
Как вы можете видеть на странице своих документов, он поддерживает множество связанных с аннотацией функций PDF:
Готовые к использованию инструменты для быстрой разработки - включая поддержку расширенные функции, такие как выбор текста, полнотекстовый поиск; ссылки; навигацию по закладкам и манипуляции; интерактивные формы; различный возможности аннотации для включения разметки PDF (выделение текста, подчеркивание, вычеркнуть, squiggly, линия, прямоугольник, эллипс, стрелка, липкая заметка, режим свободного инструмента и т.д.).
http://www.pdftron.com/pdfnet/mobile/android_pdf_library.html