Ответ 1
1.) http://www.graphviz.org/ является самым простым для рисования направленных и неориентированных графов. Вы просто предоставляете список узлов, ребер и меток в правильном синтаксисе, а GraphViz выплевывает изображение. Существуют различные интерфейсные программы, которые обеспечивают более удобный интерфейс для генерации кода GraphViz.
2.) http://www.sagemath.org/ (он с открытым исходным кодом и может рисовать взвешенные ориентированные графики)
3.) http://sourceforge.net/projects/treeform/
4.) http://www.mi.sanu.ac.rs/newgraph/
5.) http://www.conceptdraw.com/products/drawing-tool/
6.) http://rw4.cs.uni-sb.de/~sander/html/gstools.html (сборник инструментов для рисования графиков)