Ответ 1
От /usr/share/doc/php5-common/README.Debian.gz
(в системе Ubuntu с установленным PHP):
Кроме того, каждый SAPI настроен с параметром времени компиляции
--with-config-file-scan-dir=/etc/php5/$SAPI/conf.d
который для всех SAPI фактически является символической ссылкой, указывающей на центральную directory/etc/php5/conf.d. Любой файл, найденный в этом каталоге, заканчивается в .ini будет обрабатываться как файл конфигурации с помощью php SAPI.
Обоснование с помощью этого метода состоит в том, что каждый SAPI может таким образом быть идентично сконфигурированы с минимальным количеством обработки конфилей, но в то же время, если вы хотите иметь конфигурацию, специфичную для SAPI, вы может просто удалить символическую ссылку.