Ответ 1
(
и )
имеют особое значение, как описано на веб-сайте logback:
В PatternLayout скобки могут использоваться для группировки шаблонов преобразования. Из этого следует, что '(' и ')' имеют особый смысл и должны быть экранированы, если они предназначены для использования в качестве литералов. Дополнительный характер скобок поясняется ниже.
В вашем случае вам нужно удалить их с помощью обратной косой черты:
<pattern>%d{HH:mm:ss.SSS} %-5level %logger{36} - \(%file:%line\) - %msg%n</pattern>