Ответ 1
Если вы используете механизм S3BotoStorage из django-storages, тогда есть переменная параметров с именем AWS_LOCATION, которая установит префикс ключа (эквивалентный поддиректории) для ведра S3, который вы укажете в AWS_STORAGE_BUCKET_NAME.
Обратите внимание, что я не использовал это с collectstatic, но я не вижу, как он не будет работать, учитывая разделение между ним и механизмами хранения.