Ответ 1
Запланированные растровые графики с точками, линиями и полигонами должны работать нормально, как показано в следующем примере.
Мое лучшее предположение заключалось бы в том, что объекты Spatial*, которые вы пытаетесь построить на вершине растра, выпадаете за пределы области. Вы проверили, что объекты raster и Spatial* находятся в одном и том же CRS и (предположим, что они), что ограничивающие поля перекрываются? (т.е. попробуйте bbox(shp) и bbox(ras), и сравните результаты).
library(rgdal)
library(raster)
# Create a raster
ras <- raster(ncols=36, nrows=18)
ras[] <- runif(ncell(ras))
# Create a SpatialPoints object
shpPts <- spsample(Spatial(bbox=bbox(ras)), 20, type="random")
# Create a SpatialPolygons object
p1 <- rbind(c(-10,0), c(140,60), c(160,0), c(140,-55), c(-10,0))
shpPolys <- SpatialPolygons( list(Polygons(list(Polygon(p1)), 1)))
# Plot them, one layer after another
plot(ras)
plot(shpPts, pch=16, col="red", add=TRUE)
plot(shpPolys, col="yellow", add=TRUE)
