Ответ 1
Если в таблице, в которой вы отсутствуете сущность для, есть таблица соединений для отношения "многие ко многим", вы не получаете класс сущности при создании модели из базы данных. EF распознает это, когда таблица имеет два столбца, которые образуют составной первичный ключ, и каждый столбец является внешним ключом для двух других таблиц.
EF управляет таблицей соединений внутри и не раскрывает ее как сущность. У вас есть только "левый" и "правый" объекты с навигационными коллекциями, указывающими друг на друга. Если вы добавляете или удаляете отношения, добавляя или удаляя элементы в эти коллекции, EF создаст правильные инструкции INSERT и DELETE для таблицы соединений, когда вы вызываете SaveChanges. Но это происходит внутри себя и полностью скрыто для вас.
Другими словами: все в порядке.