Ответ 1
Извините за немые вопросы, но вы очистили кеш и протестировали (попробуйте установить какой-то пограничный цвет или что-то в этом роде)? Правильно ли доступен путь к файлу css и доступен через ваш HTTP-сервер (попробуйте открыть его в своем браузере и проверьте, работает ли он без условного оператора)? Другое дело, я бы пошел с gte (больше или равно).
<!--[if gte IE 9]>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="includes/ie9.css" />
<![endif]-->
Кроме того, проверьте, нет ли там мета-тегов, совместимых с X-UA, вокруг своего обычного бизнеса обезьян (ничего общего с условными утверждениями, но в последнее время это корень многих зол).