Ответ 1
Конечно, можно делать непосредственно с PHP.
Однако, как говорится в одном из комментариев к вашему вопросу, вероятно, будет проще вызвать внешний двоичный файл, чтобы выполнить эту работу для вас (хотя не все хосты могут иметь mkisofs).
Если вы действительно должны делать это с PHP, вот несколько полезных ссылок для вас.
Спецификация ISO 9660 (ECMA-119) - это формат файла для файлов изображений ISO.
PHP pack() и unpack() - это поможет вам манипулировать двоичными данными в PHP.
Как только вы знакомы с файловой структурой, вы можете создать некоторые предварительно скомпилированные сегменты и просто исправить их в разных смещениях, а также вставить полезную нагрузку.
Удачи!