Ответ 1
Jung:
http://jung.sourceforge.net/index.html
.. существует некоторое время и имеет множество алгоритмов компоновки.
Вы также можете проверить Gephi на http://gephi.org/ - это приложение, а не lib, но оно с открытым исходным кодом Java.
Там также обрабатывается (суперязык Java) и физическая библиотека здесь: http://www.cs.princeton.edu/~traer/physics/random_arboretum/index.html (щелкните в поле несколько раз, чтобы создать график).