Ответ 1
Единственный способ, который я могу придумать, - использовать диалог поиска файлов Eclipse для всех .java файлов и использовать это регулярное выражение в качестве ввода:
"(?s:/\*\*([^\*]|\*[^/])*?###INPUT###.*?\*/)"
и замените ### INPUT ### тем, что вы ищете.
Смотрите этот другой вопрос об этом регулярном выражении.