Ответ 1
Формат на основе файлов был единственным, доступным в более старых версиях IntelliJ IDEA. Формат каталога был представлен позже, и его основным преимуществом является то, что легче хранить файлы проекта в системе управления версиями, поскольку данные проекта разделены на несколько файлов, а конфликты слияния менее вероятны.
Недостаток относительно незначительный: вы не можете открыть проект на основе каталогов, дважды щелкнув его в файловом менеджере вашей операционной системы.