Ответ 1
Вы можете создать два блока кода: один для презентации и другой, скрытый для выполнения.
---
output:
pdf_document:
highlight: haddock
---
```{#numCode .R .numberLines}
x <- 1:10
y <- x^2
plot(x,y)
```
```{r results='asis', echo=FALSE}
x <- 1:10
y <- x^2
plot(x,y)
```
Примечание. Если вы замените pdf_document на html_document, вы должны указать "выделить" метаданные.