Ответ 1
autoconf генерирует configure script из различных входных файлов, некоторые из которых создаются с использованием других инструментов, таких как aclocal, automake и т.д.
autoreconf - помощник, который знает, как вызвать все эти инструменты в правильном порядке
Обычно вы просто вызываете autoreconf самостоятельно и позволяете ему иметь дело со всеми инструментами нижнего уровня....