В соответствии с этой сообщением, возможно, MSDeploy автоматически удалит файл App_Offline.htm при развертывании.
К сожалению, он не работает при использовании процесса сборки VSOnline "GitContinuousDeploymentTemplate" и развертывания на веб-сайтах Windows Azure.
Есть ли способ обхода этой функции? Любые другие решения, которые не требуют ручной остановки сайта до начала сборки?
Этот параметр в основном использовался на локальных серверах. На облаке есть альтернативные и более совершенные развертывания.
Используйте Слоты Развертывания. Рекомендации: https://azure.microsoft.com/en-us/documentation/articles/web-sites-staged-publishing/#custom-warm-up-before-swap
Есть несколько статей с изложением преимуществ и особенностей.