Ответ 1
Как прокомментировал rogerdpack, в командной строке:
ffmpeg -i inputfile.flac output.wav
должен делать именно то, что вы хотите.
Устраняя ваши проблемы с сохранением результирующего звука, FLAC представляет собой формат без потерь и декодирует его на необработанные PCM, хранящиеся в WAV файле, будет сохранять совершенную точность. Единственное, о чем вам нужно беспокоиться, это то, что ваш FLAC файл является более высокой, чем нормальная битовая глубина, например 24, 32 или 64 бит на выборку, или имеет сумасшедшую многоканальную конфигурацию. Я не поддерживал, поддерживает ли FFmpeg все эти комбинации. Однако большинство файлов FLAC представляют собой только 16-битные аудиофайлы с частотой 44,1 кГц, поэтому это не должно быть проблемой.
Об очистке метаданных, проверьте этот вопрос суперпользователя.