Используя функцию C из другого пакета в Rcpp
Я пытаюсь вызвать подпрограмму C из кубатурного пакета в функции С++ для выполнения многомерного интегрирования.
Основной пример R, который я пытаюсь воспроизвести,
library(cubature)
integrand <- function(x) sin(x)
adaptIntegrate(integrand, 0, pi)
Я мог бы просто вызвать эту R-функцию из Rcpp после этого рецепта из галереи, но было бы некоторое снижение производительности при переключении взад и вперед от c/С++ до R. Кажется более разумным напрямую вызывать функцию C из С++.
Подпрограмма C adapt_integrate
экспортируется из cubature
с помощью
// R_RegisterCCallable("cubature", "adapt_integrate", (DL_FUNC) adapt_integrate);
Я не понимаю, как назвать это из С++. Здесь моя хромая попытка,
sourceCpp(code = '
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
double integrand(double x){
return(sin(x));
}
// [[Rcpp::depends(cubature)]]
// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List integratecpp(double llim, double ulim)
{
Rcpp::Function p_cubature = R_GetCCallable("cubature", "adapt_integrate");
Rcpp::List result = p_cubature(integrand, llim, ulim);
return(result);
}
'
)
integratecpp(0, pi)
Это не скомпилируется; ясно, что я делаю что-то очень глупо и пропускаю некоторые важные шаги, чтобы преобразовать вывод R_GetCCallable
в Rcpp::Function
(или вызвать его напрямую?). Я прочитал несколько связанных сообщений, посвященных указателям на функции, но не видел примера, используя внешнюю функцию C.
Ответы
Ответ 1
К сожалению, cubature
не отправляет заголовки в inst/include
, поэтому вы должны брать их у них и делать что-то вроде этого в своем коде:
typedef void (*integrand) (unsigned ndim, const double *x, void *,
unsigned fdim, double *fval);
int adapt_integrate(
unsigned fdim, integrand f, void *fdata,
unsigned dim, const double *xmin, const double *xmax,
unsigned maxEval, double reqAbsError, double reqRelError,
double *val, double *err)
{
typedef int (*Fun)(unsigned,integrand,void*,unsigned,
const double*,const double*, unsigned, double, double, double*, double*) ;
Fun fun = (Fun) R_GetCCallable( "cubature", "adapt_integrate" ) ;
return fun(fdim,f,fdata,dim,xmin,xmax,maxEval,reqAbsError, reqRelError,val,err);
}
Возможно, неплохо было бы обсудить с сопровождающим cubature
, что он отправляет объявления в inst/include
, поэтому вам нужно будет использовать только LinkingTo
.
Ответ 2
Не видел этот вопрос раньше, и похоже, что @Romain обратился к нему.
Для полноты, рабочий пример того, как это сделать, когда все стороны играют вместе, предоставляется пакетами xts
и RcppXts
. В xts
мы делаем это (около десяти функций) в файле (source) inst/include/xtsAPI.h
:
SEXP attribute_hidden xtsLag(SEXP x, SEXP k, SEXP pad) {
static SEXP(*fun)(SEXP,SEXP,SEXP) = NULL;
if (fun == NULL)
fun = (SEXP(*)(SEXP,SEXP,SEXP)) R_GetCCallable("xts","lagXts");
return fun(x, k, pad);
}
вместе с обычным делом R_registerRoutines
и R_RegisterCCallable
.
В RcppXts
это подбирается (в модуле Rcpp) как
function("xtsLag",
&xtsLag,
List::create(Named("x"), Named("k"), Named("pad")),
"Extract the coredata from xts object");
который работает очень хорошо. Кто-то сделал мне выговор за то, чтобы написать xts
более компактно (поскольку if NULL
является ложным), который я получу... в конце концов.
Ответ 3
Этот вопрос сейчас три года, но я хочу отметить, что многомерная интеграция с Rcpp может быть проще теперь, когда доступна библиотека RcppNumerical:
https://github.com/yixuan/RcppNumerical
Подпрограммы для вычислений интегралов основаны на пакете Thomas Hahn Cuba и также доступны в библиотеке R2Cuba на CRAN, поэтому, если вы можете согласиться с использованием кубинских процедур над функцией adaptIntegrate()
от Cubature, этот пакет может представлять интерес.