R data.table объединяется с условиями неравенства

Я хотел бы подмножить свои данные на основе множественных условий неравенства, используя пакет data.table. Примеры в справочнике data.table показывают, как это сделать с символьными переменными, но не с числовыми неравенствами. Я также вижу, как это сделать, используя функцию подмножества. Но я действительно хотел бы использовать скорость бинарного поиска data.table. Ниже приведен пример того, что я пытаюсь сделать.

library(data.table)

data <- data.table(X=seq(-5,5,1), Y=seq(-5,5,1), Z=seq(-5,5,1))
data

setkey(data, X, Y, Z)

#the data.frame way
data[X > 0 & Y > 0 & Z > 0]

#the data.table way (does not work as I expected)
data[J(>0, >0, >0)]

Ответы

Ответ 1

Решение довольно быстрое и простое, используя пакет dplyr.

install.packages(dplyr)
library(dplyr)

newdata <- filter(data, X > 0 , Y > 0 , Z > 0)

dplyr показывает, что он является одним из самых простых и быстрых пакетов для управления кадрами данных. Проверьте этот отличный учебник здесь: http://cran.rstudio.com/web/packages/dplyr/vignettes/introduction.html

Команда RStudio также выпустила хороший Cheat Sheet, здесь: http://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

Ответ 2

Я запускаю некоторые тесты

library(dplyr)
library(data.table)
library(microbenchmark)

dt.data.frame.way <- function(data) data[X > 0 & Y > 0 & Z > 0]
dplyr.way <- function(df) filter(df, X > 0, Y > 0, Z > 0)
real.data.frame.way <- function(df) df[df$X > 0 & df$Y > 0 & df$Z > 0,]

data <- data.table(X=seq(-5,5,1), Y=seq(-5,5,1), Z=seq(-5,5,1))
setkey(data, X, Y, Z)
df <- as.data.frame(data)

microbenchmark(times = 10,
               dt.data.frame.way(data),
               dplyr.way(df),
               real.data.frame.way(df))
# Unit: microseconds
#                     expr     min       lq       mean    median       uq        max neval
#  dt.data.frame.way(data) 710.426  754.287   871.8784  824.7565  942.998   1180.458    10
#            dplyr.way(df) 951.309 1045.246 12303.3462 1142.7440 1246.668 112775.934    10
#  real.data.frame.way(df) 137.239  162.591   181.5254  187.9785  197.373    231.594    10

Простые данные примера клонирования для строк 5.5M.

data <- data.table(X=seq(-5,5,1), Y=seq(-5,5,1), Z=seq(-5,5,1))
data <- rbindlist(lapply(1:5e5, function(i) data)) # 5500000 rows
setkey(data, X, Y, Z)
df <- as.data.frame(data)

microbenchmark(times = 10,
               dt.data.frame.way(data),
               dplyr.way(df),
               real.data.frame.way(df))
# Unit: milliseconds
#                     expr      min        lq      mean    median        uq       max neval
#  dt.data.frame.way(data) 656.2978  668.0560  730.9246  696.6560  831.0877  846.0517    10
#            dplyr.way(df) 632.4096  639.1141  709.4308  678.9436  717.3018 1015.7663    10
#  real.data.frame.way(df) 964.4298 1022.1772 1075.8448 1077.4437 1125.0037 1192.7410    10

Выполнение этой задачи, похоже, трудно улучшить. Часто это зависит от данных.