Полосы ошибок на штабелированном баре ggplot2

Я изо всех сил стараюсь помещать строки ошибок в правильное место на штабеле. Когда я читал более раннюю запись, я использовал ddply, чтобы уложить строки ошибок. Затем это изменило порядок укладки, поэтому я заказал коэффициент. Теперь кажется, что строки ошибок правильны на одном наборе баров, но не на другом. То, что я хочу, это график, который выглядит так, как показано ниже, только со стандартной ошибкой, отображаемой с ошибками. Я перечисляю данные исходных данных и данных ddply, а также набор данных.

Ответы

Ответ 1

Значения как для ybegin, так и yend, диапазона ошибок, слишком малы для данных bacteria. Поскольку столбцы для bacteria находятся поверх таблиц fungi, высота баров fungi (plydat$copy[plydat$org == "fungi"]) должна быть добавлена к значениям ошибок ошибок данных bacteria.

plydat[plydat$org == "bacteria", ] 
   <- transform(plydat[plydat$org == "bacteria", ],
                ybegin = ybegin + plydat[plydat$org == "fungi", "copy"], 
                yend = yend + plydat[plydat$org == "fungi", "copy"])

Ответ 2

Лично я не очень люблю сложную гистограмму, особенно когда количество штабелированных баров велико (что не так для вас). Основная проблема заключается в том, что все, кроме самого низкого, не имеют одинаковой базовой линии. В вашем случае трудно сравнить оранжевый bacteria класс, поскольку они не используют одну и ту же базу (значение y, copy).

Я предлагаю использовать сюжет, называемый dotplot:

library(ggplot2)
theme_set(theme_bw())
ggplot(plydat, aes(time, copy, color = org)) + 
   geom_point() + facet_wrap(~group, ncol = 1) + 
   geom_errorbar(aes(ymax=ybegin , ymin= yend), width = 0) + coord_flip()

Обратите внимание, что значение copy здесь не является аддитивным, как это было в штабелированном бархате. Поскольку они имеют одно и то же базовое значение copy (0), вы можете легко сравнивать разные значения bacteria. Кроме того, я меняю оси x и y, чтобы упростить сравнение значения copy (просто удалите coord_flip, чтобы увидеть, насколько плохо работает при сравнении copy).

Единственный реальный недостаток заключается в том, что нет простого способа судить сумму fungi и bacteria. В зависимости от того, что должен показать график (история диаграммы), это может быть или не быть проблемой. Вы можете добавить отдельную дополнительную категорию к org, т.е. both, которая является суммой обеих категорий, чтобы исправить это. Конечно, интерпретация ошибки в этой суммируемой категории нетривиальна.

Ответ 3

Из сочетания вышеупомянутых ответов я думаю, что я собираюсь пойти с чем-то вроде этого.

plydat <- ddply(Suz2,.(org),transform,ybegin = copy - se,yend = copy + se)   

colvec <-c("blue", "orange")

ggplot(plydat, aes(time, copy, color = factor(org))) + 
   geom_point(size = 3.5) + facet_wrap(~group, ncol = 4) + 
   scale_color_manual(values = colvec) +
   geom_errorbar(aes(ymax=ybegin , ymin= yend), width = 0.08, 
        color = "black", size = 0.1) +
   theme(panel.background = element_rect(fill='white', colour='white'), 
        panel.grid = element_line(color = NA),
        panel.grid.minor = element_line(color = NA),
        panel.border = element_rect(fill = NA, color = "black"),
        strip.background = element_blank(),
        axis.text.x  = element_text(size=10, colour="black", face = "bold"),  
        axis.title.x = element_text(vjust=0.1, face = "bold"),
        axis.text.y = element_text(size=12, colour="black"),
        axis.title.y = element_text(vjust=0.2, size = 12, face = "bold"))