Ответ 1
В соответствии с man page git gc не будет мусор собирать файлы, на которые ссылаются файлы 'reflogs' (.git/logs/<ref-name> в ваш репозиторий). Эти HEAD - это именно то, что отображается SmartGit/Hg, и когда вы удаляете эти журналы, незапланированные коммиты должны собираться с помощью git gc --prune=now.
Предупреждение Если нет истинной причины полностью избавиться от этих коммитов (например, удаление конфиденциальных данных), вы не должны этого делать - возможно, через некоторое время вас может заинтересовать именно один из этих коммитов. По крайней мере, исправление дискового пространства на мой взгляд не является веской причиной.