Блочный бутстрап из списка предметов

Я пытаюсь эффективно внедрить метод блочного бутстрапа, чтобы получить распределение коэффициентов регрессии. Основной контур выглядит следующим образом:

У меня есть набор данных панели, например firm и year - индексы. Для каждой итерации бутстрапа я хочу попробовать с заменой n предметов. Из этого образца мне нужно построить новый кадр данных, который представляет собой стек rbind() всех наблюдений для каждого объекта, отобранного для отбора. С помощью этого нового data.frame я могу запустить регрессию и вытащить коэффициенты. Повторите для кучи итераций, скажем 100.

• Каждая фирма может быть выбрана несколько раз, поэтому мне нужно включать ее данные несколько раз в каждый набор данных итераций.
• Использование подхода цикла и подмножества, как показано ниже, кажется вычислительным обременительным.
• Мои реальные кадры данных, n и # итераций намного больше, чем пример ниже.

Мои мысли изначально состоят в том, чтобы разбить существующий общий кадр данных в список на subject с помощью команды split(). Оттуда используйте sample(unique(df1$subject),n,replace=TRUE) для получения нового списка, а затем, возможно, реализуйте quickdf() из пакета plyr для создания нового фрейма данных?

Любые мысли оценены!

Пример медленного кода:

require(plm)
data("Grunfeld", package="plm")

firms = unique(Grunfeld$firm)
n = 10
iterations = 100
mybootresults=list()

for(j in 1:iterations){

  v = sample(length(firms),n,replace=TRUE)
  newdata = NULL

  for(i in 1:n){
    newdata = rbind(newdata,subset(Grunfeld, firm == v[i]))
  }

  reg1 = lm(value ~ inv + capital, data = newdata)
  mybootresults[[j]] = coefficients(reg1)

}

mybootresults = as.data.frame(t(matrix(unlist(mybootresults),ncol=iterations)))
names(mybootresults) = names(reg1$coefficients)
mybootresults

  (Intercept)      inv    capital
1    373.8591 6.981309 -0.9801547
2    370.6743 6.633642 -1.4526338
3    528.8436 6.960226 -1.1597901
4    331.6979 6.239426 -1.0349230
5    507.7339 8.924227 -2.8661479
...
...

Ответы

myfit <- function(x, i) {
   mydata <- do.call("rbind", lapply(i, function(n) subset(Grunfeld, firm==x[n])))
   coefficients(lm(value ~ inv + capital, data = mydata))
}

firms <- unique(Grunfeld$firm)

b0 <- boot(firms, myfit, 999)

require(plm)
require(boot)
data(Grunfeld)

### each firm is of length 20
table(Grunfeld$firm)
##  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 
## 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20


blockboot <- function(data) 
{
 coefficients(lm(value ~ inv + capital, data = data))

}

### fixed length (every 20 obs, so for each different firm) block bootstrap
set.seed(321)
boot.1 <- tsboot(Grunfeld, blockboot, R = 99, l = 20, sim = "fixed")

boot.1    
## Bootstrap Statistics :
##      original     bias    std. error
## t1* 410.81557 -25.785972    174.3766
## t2*   5.75981   0.451810      2.0261
## t3*  -0.61527   0.065322      0.6330

dim(boot.1$t)
## [1] 99  3

head(boot.1$t)
##        [,1]   [,2]      [,3]
## [1,] 522.11 7.2342 -1.453204
## [2,] 626.88 4.6283  0.031324
## [3,] 479.74 3.2531  0.637298
## [4,] 557.79 4.5284  0.161462
## [5,] 568.72 5.4613 -0.875126
## [6,] 379.04 7.0707 -1.092860

library(boot)  # for boot
library(plm)   # for Grunfeld
library(dplyr) # for left_join

# First get the data
data("Grunfeld", package="plm")

myfit1 <- function(x, i) {
  # x is the vector of firms
  # i are the indexes into x
  mydata <- do.call("rbind", lapply(i, function(n) subset(Grunfeld, firm==x[n])))
  coefficients(lm(value ~ inv + capital, data = mydata))
}

myfit2 <- function(x, i) {
  # x is the vector of firms
  # i are the indexes into x
  mydata <- left_join(data.frame(firm=x[i]), Grunfeld, by="firm")
  coefficients(lm(value ~ inv + capital, data = mydata))
}

# rbind method
set.seed(1)
system.time(b1 <- boot(firms, myfit1, 5000))
  ##  user  system elapsed 
  ## 13.51    0.01   13.62 

# left_join method
set.seed(1)
system.time(b2 <- boot(firms, myfit2, 5000))
   ## user  system elapsed 
   ## 8.16    0.02    8.26 

summary(b1)
##      R  original bootBias    bootSE   bootMed
## 1 5000 410.81557 14.78272 195.62461 413.70175
## 2 5000   5.75981  0.49301   2.42879   6.00692
## 3 5000  -0.61527 -0.13134   0.78854  -0.76452
summary(b2)
##      R  original bootBias    bootSE   bootMed
## 1 5000 410.81557 14.78272 195.62461 413.70175
## 2 5000   5.75981  0.49301   2.42879   6.00692
## 3 5000  -0.61527 -0.13134   0.78854  -0.76452

library(boot)  # for boot
library(plm)   # for Grunfeld
library(dplyr) # for left_join

## Get the Grunfeld firm data (10 firms, each for 20 years, 1935-1954)
data("Grunfeld", package="plm")

## Create dataframe with unique firm identifier (one line per firm)
firms <- data.frame(firm=unique(Grunfeld$firm),junk=1)

## for boot(), X is the firms dataframe; i index the sampled firms
myfit <- function(X, i) {
    ## join the sampled firms to their firm-year data
    mydata <- left_join(X[i,], Grunfeld, by="firm")
    ## Distinguish between multiple resamples of the same firm
    ## Otherwise they have the same id in the fixed effects regression
    ## And trouble ensues
    mydata  <- mutate(group_by(mydata,firm,year),
                      firm_uniq4boot = paste(firm,"+",row_number())
                      )
    ## Run regression with and without firm fixed effects
    c(coefficients(lm(value ~ inv + capital, data = mydata)),
    coefficients(lm(value ~ inv + capital + factor(firm_uniq4boot), data = mydata)))
    }

set.seed(1)
system.time(b <- boot(firms, myfit, 1000))

summary(b)

summary(lm(value ~ inv + capital, data=Grunfeld))
summary(lm(value ~ inv + capital + factor(firm), data=Grunfeld))