Ответ 1
Вместо цветовой эстетики вы хотите настроить эстетику заполнения. Вы можете обрабатывать оба своих вопроса (и многое другое), регулируя масштаб:
ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg, fill = factor(vs))) +
geom_boxplot() +
scale_fill_manual(name = "This is my title", values = c("pink", "green")
, labels = c("0" = "Foo", "1" = "Bar"))
Страница справки ggplot2 для scale_manual полна хороших примеров.