Ответ 1
Попробуйте оба и посмотрите на различия. Вы заметите, что Navigator представлен как структура папок файловой системы диска (например, Проводник Windows) и что Проводник пакетов группирует классы Java в пакетах, а не кучу деревьев папок.
Какой выбор выбрать - это просто вопрос вкуса и полезности взгляда. При разработке в Java, Package Explorer удобнее. При простом сканировании незагруженных файлов навигатор может быть более удобным. Каждый из них имеет собственный (настраиваемый) набор фильтров для скрытия определенных типов файлов. По умолчанию вы не увидите файлы .class в обозревателе пакетов, но вы можете увидеть их в Navigator (в папке /bin).