Ответ 1
Вы используете один из встроенных шрифтов Base 14, которые поставляются с Adobe Reader. Эти шрифты не являются Unicode; они являются фактически стандартным латинским алфавитом, хотя с несколькими дополнительными символами. Похоже, что персонаж, о котором вы упоминаете, в нижнем регистре с кароном (š), недоступен в латинском тексте PDF... хотя в верхнем регистре Š имеется, но любопытно только в Windows. Дополнительную информацию см. В приложении D спецификации PDF http://www.adobe.com/devnet/pdf/pdf_reference.html.
В любом случае, дойдя до сути... вам нужно встроить шрифт Unicode, если вы хотите использовать символы Unicode. Убедитесь, что у вас есть лицензия на включение любого шрифта, который вы решите... Я могу порекомендовать open-source Gentium или Doulos, поскольку они являются бесплатными, высококачественными и имеют всестороннюю поддержку Unicode.