В настоящее время я использую таблицы InnoDB, но меня смущает то, что, если я использую более одного движка в БД?
Поскольку я использовал "лучший" в названии, он предупреждает, что вопрос субъективен, но учитывая очень ограниченное число диалектов, о котором идет речь, и что я не понимаю различимых факторов между ними (что лучше всего) мне нужно это объяснять в ответе.
Для справки здесь находятся указанные диалекты, найденные в org.hibernate.dialect:
MySQL InnoDB обеспечивает ссылочную целостность; ISAM не делает.
MySQL версия 5 отличается от более ранних версий.
MySQLDialect, вероятно, является наследием первой реализации Hibernate, когда такого выбора не было.
Выберите тот, который наилучшим образом соответствует вашей версии MySQL (версия 5 из вашего вопроса) и реализации, которую вы использовали для создания в своей базе данных MySQL.