Установить rJava на macOS Sierra 10.12.1: ошибка компоновщика licuuc

Я пытаюсь установить rJava внутри R-Studio, но ошибка

ld: library not found for -licuuc
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Users/iMacLinda/Library/R/3.3/library/rJava’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status

R

версия _ платформа x86_64-apple-darwin16.1.0 arch x86_64 os darwin16.1.0 system x86_64, darwin16.1.0 статус значимый 3-х малый 3,2 года 2016 месяц 10 день 31 svn rev 71607 язык R версия .string R версия 3.3.2 (2016-10-31) прозвище Sincere Pumpkin Patch

Как я могу исправить эту ошибку компоновщика?

Ответы

Ответ 1

Я нашел решение в другом месте с MacPorts, шаги 1-5 под руководством здесь и шаги 6 под руководством здесь.

  • Как root (sudo bash), отредактируйте /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf и измените строку LIBS = -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n на LIBS = -llzma -lm -liconv

  • установить оригинальную версию Mac Mac

  • run export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

  • R CMD javareconf

  • Теперь вы можете запустить R и сделать install.packages("rJava").

  • sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Ответ 2

Существует решение для этого с Anaconda здесь. Проблема была в переменной пути, поэтому, возможно, это могло бы решить проблему и здесь. Ниже я изложу ниже решение о том, как это можно решить здесь.

Очистить свой путь

  • Проверьте настройки конфигурации

    R CMD config --ldflags
-L/Users/osx/anaconda3/lib/R/lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lm -liconv -licuuc -licui18n

  • Проверьте это mv ~/.bash_profile ~/.bash_profile_backup.

  • Перезагрузите терминал.

  • Теперь переменные окружения в R должны быть разными

    $ R CMD config --ldflags
-F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -lpcre -llzma -lbz2 -lz -licucore -lm -liconv

  • Выполните следующие

    sudo R CMD javareconf 
Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

  • Если вы смогли установить rJava, проблема была в вашем пути, иначе попробуйте альтернативные решения.

Альтернативное решение с Homebrew

Существует также решение для этого с Homebrew здесь, где R установлен с brew cask install r-app, и gcc пришлось перекомпилировать без флага forenmp.