Ответ 1
По индексам:
Neo4j не имеет собственных индексов. Он имеет только интерфейс IndexerService, который реализуется Lucene (например), что довольно быстро и быстро обрабатывает точный и полнотекстовый поиск, но не поддерживает какой-либо поиск.
Легко индексировать узлы в Neo4j, вы просто вызываете индекс функции (node, key, value); и он проиндексирован.
Не уверен, как реализовано сохранение.