Ответ 1
Imho, использующий инструмент командной строки из Java, не совсем "лучший способ выполнить задание".
В JAVA существует несколько способов улучшения бинарного plist: тот, который я предпочитаю, является полезным небольшим проектом Дэниела Дрейбродта: google project hosting
Вы также можете использовать Apache Commons Configuration (какой API поддерживает формат списка свойств). Больше информации об истории .plist-формата на OSX (какая версия ввела формат), которую я написал на blog
Обновление: В исходной кузнице есть новый проект Библиотека списка свойств, который сможет читать и писать .plist - я его не тестировал, но это звучит интересно.