Как настроить консоль R для использования с RStudio?

Я пытаюсь настроить мой R с помощью conda (в конечном счете, для использования с Beaker Notebook), и я хочу иметь возможность использовать RStudio с моей установленной на конде версии R.

Мой метод установки R:

conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger

Я запустил эту версию R (я только установил эту версию)

> version
               _                           
platform       x86_64-apple-darwin11.0.0   
arch           x86_64                      
os             darwin11.0.0                
system         x86_64, darwin11.0.0        
status                                     
major          3                           
minor          3.1                         
year           2016                        
month          06                          
day            21                          
svn rev        70800                       
language       R                           
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair

Запуск R в Jupyter является своего рода ошибкой. Например, когда он выдает ошибки, он выводит на stdout и разбивает каждый символ в строке с помощью linebreak. Я хочу использовать RStudio, но я не хочу устанавливать другую версию R.

Как я могу направить мою версию conda R в RStudio?

Здесь мой .bash_profile не уверен, что это будет полезно:

$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

Я пытаюсь следовать этим учебникам, но я потерян. Я действительно не очень хорошо знаком с переменными окружения и такими вещами.

(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

(2) Запустите mac eclipse с установленными переменными окружения

когда я искал свой R, он направил меня:

$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

но направления из (1) используют этот путь, который очень запутан:

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R

Я попытался сделать то, что сделал этот парень, и добавил это к моему .bash_profile, но это не сработало. Я даже сделал .bashrc, но он все еще не работал (I sourced после того, как я добавил строки)

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

Как сообщить RStudio использовать версию R из Anaconda

К сожалению, anaconda не имеет учебника для этого в https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration

Ответы

Ответ 1

Пока which R показывает рабочий интерпретатор R (который он должен делать, если вы установили пакет r из conda и активировали вашу среду), тогда запуск rstudio из этой же среды должен выбрать его просто отлично.

Для теста на ArchLinux я построил и установил: https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/

.. затем принудительно удалил интерпретатор R (pacman -Rdd r), затем установил r из conda (conda install -c r r), и он работал нормально. Затем я закрыл терминал и открыл новый (так что правильная среда conda не была активирована и успешно запустила RStudio с помощью следующей команды: RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio

Я думаю, что основной задачей является запуск rstudio из правильной среды? Ваши ~/.bash_profile и ~/.bashrc будут получены только при запуске bash. Чтобы переменные окружения были установлены так, чтобы ваша среда рабочего стола знала о них, в Linux вы должны поместить их в ~/.profile или в /etc/pam.d (вам может потребоваться выйти или завершить работу после внесения этих изменений) и на OS X, вы должны проверить https://apple.stackexchange.com/q/57385

Ответ 2

См. https://anaconda.org/r/rstudio:

$ conda install -c r rstudio

Затем из командной строки:

$ rstudio

(Я установил его, и он работает.)

Ответ 3

Обновление: ДОБАВИТЬ ЭТОТ `~/.bash_profile`!

export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R"
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R

Кредиты для @Z-Shiyi для последней строки https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755

В дополнение к тому, что сказал Рейне Доннелли выше. В принципе, он должен быть выполнен из правильной среды (то есть запускать ее с терминала).

Вы можете:

(A) Поместите это в свой ~/.bash_profile export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R (если вы используете conda, но можете поместить любой путь R)

(B) затем введите это в терминал после его получения (либо перезапустить терминал, либо сделать source .bash_profile): open -a RStudio Это должно сработать.

, или вы можете делать то, что я сделал:

(A) откройте автомат (извините, если вы не на mac, это будет работать только на Mac)

(B) используйте Run Shell Script

(C), затем удалите cat, который уже там, и введите: export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R open -a RStudio

(D) Сохраните его как-то вроде run_rstudio.app, а затем запустите его, и он должен работать:

Ответ 4

Обновление. В дистрибутиве Anaconda теперь есть пакеты для RStudio, поэтому вы должны иметь возможность использовать это и не должны перескакивать через любые обручи. Вы также можете установить его непосредственно в Anaconda Navigator.