Ответ 1
Хотя на страницах Github невозможно размещать полноценные приложения Shiny (действительно, как предложил @Gregor, для этого полезно использовать shinyapps.io), разработчики для Shiny работали над тем, чтобы некоторые функции выполнялись полностью на клиентская сторона через htmlwidgets.
Вот простой пример, который выполняется на страницах Github:
README.Rmd
## Example of displaying htmlwidgets on a Github pages site
```{r}
# Source: http://www.htmlwidgets.org/showcase_plotly.html
library(plotly)
p <- ggplot(data = diamonds, aes(x = cut, fill = clarity)) +
geom_bar(position = "dodge")
ggplotly(p)
```
Выделенный HTML
(Текущая версия: Github pages htmlwidget demo)
Для более сложных взаимодействий, включая полное взаимодействие между виджетами на стороне клиента, проверьте недавнюю демонстрацию перекрестных ссылок Джо Ченга от UserR! 2016.