Ответ 1
Для gnome в Linux поместите файл .desktop, ссылающийся на ваше приложение в ~/config/autostart/, формат довольно прост:
[Desktop Entry]
Type=Application
Exec=foo
Hidden=false
NoDisplay=false
X-GNOME-Autostart-enabled=true
Name=foo
и вам нужно будет установить бит exec для этого файла (chmod + x)
Если вы отправляете на Linux, вы должны создать один из них и поместить его в меню.
Для KDE на Linux вы должны создать символическую ссылку на свою исполняемую программу в папке ~/.kde/Autostart/