Ответ 1
Абсолютно, вы ударили ноготь по голове. Вся цель Vagrant заключается в том, чтобы обеспечить простой механизм для создания согласованных сред для разработки.
Существуют ситуации, когда вы можете захотеть сохранить конфигурацию Vagrant в отдельном репозитории, например, когда вы создаете несколько разрозненных сервисов для создания сложной среды. В любом другом случае я бы сохранил файл Vagrant в основном репозитории.
Еще одно преимущество сохранения его в главном репозитории - гораздо проще, если ваша система непрерывной сборки развернет виртуальную машину, запустит тестовый пакет и снимет ее, поэтому вы знаете, что ваша виртуальная машина является последовательной и стабильной:).