Ответ 1
Если нет цели "удалить", нет никакого автоматизированного способа удаления и удаления файлов.
Если вам удастся создать ваш php в 100% выделенном каталоге (например,/opt/your/php), то удаление может быть таким же простым, как удаление этого выделенного каталога, поскольку все, сгенерированное во время сборки/компиляции, будет содержаться внутри этот каталог.