Разреженная матрица к кадру данных в R

У меня есть разреженная матрица

Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  [email protected] i       : int [1:37674] 1836 2297 108 472 1735 1899 2129 2131 5 67 ...
  [email protected] p       : int [1:3417] 0 2 8 22 25 35 44 45 45 47 ...
  [email protected] Dim     : int [1:2] 3416 3416
  [email protected] Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:3416] "AAA" "AAE" "AAL" "AAN" ...
  .. ..$ : chr [1:3416] "AAA" "AAE" "AAL" "AAN" ...
  [email protected] x       : num [1:37674] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  [email protected] factors : list()

Что такое быстрый способ преобразования этой матрицы в список как (кроме for loop):

Origin Destination Weight
AAA AAE 4
AAL AAN 5

Примечание. Мне нужно получить Origin и Destination для Weight > 0

Ответы

Ответ 1

Используя summary, вот пример:

mat <- Matrix(data = c(1, 0, 2, 0, 0, 3, 4, 0, 0), nrow = 3, ncol = 3,
              dimnames = list(Origin      = c("A", "B", "C"),
                              Destination = c("X", "Y", "Z")),
              sparse = TRUE)
mat
# 3 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#    Destination
#     X Y Z
#   A 1 . 4
#   B . . .
#   C 2 3 .

summ <- summary(mat)
summ
# 3 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix", with 4 entries 
#   i j x
# 1 1 1 1
# 2 3 1 2
# 3 3 2 3
# 4 1 3 4

data.frame(Origin      = rownames(mat)[summ$i],
           Destination = colnames(mat)[summ$j],
           Weight      = summ$x)
#   Origin Destination Weight
# 1      A           X      1
# 2      C           X      2
# 3      C           Y      3
# 4      A           Z      4

Ответ 2

df <- as.data.frame(as.matrix(mat))

as.matrix превратит разреженную матрицу в плотную матрицу, если она не слишком велика :-) Затем вы можете преобразовать ее в кадр данных.

(mat - пример dgCMatrix из ответа @flodel)